在選擇了正確的純水系統后，純水制備及分配系統的正確的安裝及運行調試也是決定純水系統能否按照設計要求工作，滿足用戶用水需求的重要因素。實驗室氣路純水系統安裝及初次運行調試的正確與否將決定純水系統是否能長時間穩定運行。不正確的安裝及調試有可能造成純水系統的耗材壽命縮短、產水指標低甚至系統永久性損壞。因此，純水系統的安裝與調試應由經過培訓并具有相應資格的專業工程師來進行。

        純水分配管道系統的安裝也應有相應的專業潔凈管道安裝公司來負責安裝。純水分配管道安裝過程中應保持盡可能的潔凈，已避免管道對水質的污染，同時也減少管道清洗時的負擔。另外，純水管道安裝施工過程中也需要盡量考慮實驗室的美觀，情況允許的情況下盡可能布置暗管，如必須布置明管也要做到橫平豎直，并做好管道固定工作。實驗室氣路純水管道在安裝及試壓結束后，在正式使用前需做管道清洗工作，以保證整個純水管路系統潔凈。純水管路的清洗應采用由純水主機制備的或相同級別的純水配置藥劑進行清洗。如純水管道采用不銹鋼管道的話，在清洗完后，還要做相應的鈍化工作以保證不銹鋼管道內壁不會被腐蝕。

        此外，鑒于實驗室純水系統在安裝完成、通水后就存在微生物生長問題。因此實驗室純水系統的安裝與調試應盡量放在實驗室建設的尾端，盡量縮短安裝、調試完成與正式開始使用之間的時間間隔，同時也在未正式使用時盡量定期排空純水水箱，并使純水分配泵工作，以盡量保證純水系統內的純水新鮮，減少微生物的滋生。